在1999年一艘外星宇宙战舰坠落到了地球人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"2009年MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美饭岛真理配音的演唱会突然空袭警报响起要塞开始了变形战斗中一条辉长谷有洋配音驾驶着变形战斗救下一名少女战机却由于速度过快撞进外层舱室安定后辉发现救得是林明美俩人相识后为使明美高兴辉偷开教练机带着明美去兜风敌人趁机出现好在朋友这时挺身相救经过一场混战辉和早濑未沙土井美加配音醒过来发现在一个荒芜的星球上他们了解到五十万年前一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时已经可以借遗传密码无性繁殖后代于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争在战争明急剧衰退了曾经伟大的文化被遗忘殆尽退化成了只会战斗的种族为了维护和平他们将会采取怎样的行动…
　　超時空要塞是1982至83年间播出的一部电视动画本片在其基础上精简改编而成